Fue creado en 1974 con el objetivo de elaborar y desarrollar proyectos y tareas de investigación tendientes al conocimiento efectivo de los recursos pesqueros en la Jurisdicción de la Provincia de Río Negro. Información única sobre las pesquerías locales y regionales, así como también sobre el ambiente natural y sus cambios a largo plazo, ha sido obtenida por parte de esta institución.
Tiene como metas básicas investigar y asesorar a la Administración Pesquera Provincial en la estrategia de manejo para los recursos pesqueros, como así también realizar actividades de extensión, capacitación y transferencia de conocimientos y prestación de servicios a los sectores privado y estatal. El IBMPAS está organizado en áreas operativas de investigación que ejecutan diversos programas y proyectos relacionados (Programa de Evaluación y Manejo de Pesquerías Demersales, Programa de Evaluación y Manejo de Pesquerías Bentónicas, Programa de Calidad Sanitaria de la Producción Pesquera y Certificación de Pesquerías, Programa de Observadores a Bordo, Programa de Maricultura y Programa de Capacitación para el Sector Pesquero).
